牡丹、芍药均为毛茛科芍药属植物，前者为木本，后者为草本，但花形相似。在秦以前的典籍中，只有芍药而无牡丹的记载。人们最早是从药用价值认识了牡丹。1972年在甘肃省武威市柏树乡发现的东汉早期医简中，已有用牡丹治疗“血瘀病”的处方。《神农本草经》称“牡丹味辛寒，一名鹿韭，一名鼠姑，生山谷”。该书由魏·吴普口述，是集两汉以来药物经验谈。宋·郑樵《通志·昆虫草木略》记载：“古今言木芍药，是牡丹。安期生《服炼法》云：‘芍药有二种，有金芍药，有木芍药。金者，色白多脂；木者，色紫多脉，此则验其根也。’然牡丹…其花可爱，如芍药，宿根如木，故得木芍药之名，…牡丹初无名，故依芍药以为名…”。由此来看，秦汉时期木芍药和牡丹两个名称均已同时出现，这说明，我们的祖先对牡丹药用价值的认识，至今已有2000多年的历史。

牡丹名称的由来是因为它“以色丹者为上，虽结籽而根上生苗，故谓之牡(意指可以营养繁殖)，其花红色，故谓丹”(明·李时珍《本草纲目》)。除木芍药外，牡丹还有百两金等别名。目前，大多数人都认为牡丹观赏栽培应该开始在东晋（公元317-420），因为在东晋大画家顾恺之所创作的杰作《洛神赋图》中，能清晰的看到牡丹盛开在洛河岸边。据宋·余仁中本《顾虎头列女传》有画面描绘了庭园中栽植的木芍药，而顾虎头即东晋大画家顾恺之(约344～405年)，由此可知牡丹观赏栽培始期至今约有1600年。牡丹观赏品种的形成，则自隋始，盛于唐。隋炀帝时 “辟地周二百里为西苑……诏天下境内所有鸟兽草木驿至京师……，易州(今河北易县)进二十箱牡丹”，并记述了牡丹品种名称。宋·高承也称“隋炀帝世始传牡丹”。可见牡丹进入人们的生活，最早是从药用开始，后因其美丽的花朵而引起人们的兴趣，进而从野生引入演变为人工栽培。