牡丹的杆虽然纤细，看上去不太安定，却能开出很大的花朵，显得有些不平衡。正因为如此，最重要的是育根。

2-3年的苗9月份需要进行修剪，只留底部1-2个芽，其他的上部花芽都剪掉。

栽种后只有1-2年的苗，留下的花芽上面要覆盖土壤3-4公分。

这样，就会从花芽处生出牡丹的根，这些牡丹的根经过生长，充实，花苗的枝干会逐渐粗大。每年都可开出漂亮的花朵。

修剪时，要考虑将株型剪为倒立的圆锥形。弱的枝和芽，或者面向内侧生长的芽，以及长在枯枝上的花芽都要剪掉。

当年未开花，但长势很好的花芽要保留下来，下一年便能够开花。